Die 1541 sollte im Februar 1988 einen Nachfolger erhalten, der komplett überarbeitet worden war. Die 1541-II bekam ein komplett neues Gehäuse in dem nun kein Netzteil mehr dafür sorgte, dass nach einigen Stunden Betrieb oder nach oftmals üblichen „Copysessions“ das Laufwerk seinen Dienst verweigerte. (Obwohl es interessante Lösungen im Bastlerbereich gab. Beispielsweise mit einem Kaltluftfön!)

Das Netzteil war nun extern und in dem wesentlich kleineren Gehäuse fand man eine neue Mechanik von Chinon bzw. Sankyo mit einem Riemenantrieb. Ebenfalls komplett überarbeitet war das deutlich höher integrierte PCB-Board. Auf diesem waren auch alle ICs gelötet; IC-Sockel suchte man vergebens. Wer nun an Floppy-Speeder oder ähnliche Basteleien dachte, musste entweder tief in die Tasche greifen bzw. selber an den ICs löten oder die Idee verwerfen.

Dafür bot die neue 1541-II jetzt „endlich“ die Möglichkeit, die Geräteadresse von außen zu wählen. Bei allen Vorgängermodellen musste man dieses mit durchtrennen von Lötbrücken auf der Platine erledigen. Dieses war natürlich mit einem Garantieverlust verbunden. Jedoch gab es natürlich mehrere Anwender, die sich den „Luxus“ von zwei oder mehr Laufwerken gönnen wollten. Dieses erkannte jetzt auch Commodore und reagierte mit DIP-Schaltern, die an der Rückseite des Laufwerkes angebracht wurden.